De keuze voor de PKI-standaard past bij principe 19 van het MedMij Afsprakenstelsel. Er bestaan andere manieren voor, en ideeën over, het borgen van vertrouwen in een netwerk van geautomatiseerde systemen, maar deze zijn nog lang niet zo bewezen als PKI, dat wereldwijd wordt ondersteund, en wereldwijd is beproefd, door overheden en marktspelers.
Bij gebruik van de PKI-standaard doet zich de vraag voor van welk(e) PKI-stelsel(s) gebruik gemaakt kan of moet worden. Zo'n PKI-stelsel voorziet in een hiërarchie van organisaties die certificaten uitgeven, zodanig dat de betrouwbaarheid van de certificaten van zo'n organisatie leunt op de betrouwbaarheid van de eerst-hogere organisatie in die hiërarchie, doordat de certificaten van de lagere-in-hiërarchie een handtekening hebben van die van de hogere-in-hiërarchie. Aan de top van zo'n hiërarchie staat een zogenoemde root Certificate Authority (root CA) die zijn betrouwbaarheid niet aan een hogere kan ontlenen, zijn eigen (stam)certificaten tekent, en zo een steunpilaar is van het vertrouwen in het hele betreffende PKI-stelsel.
Het MedMij Afsprakenstelsel had ervoor kunnen kiezen een PKI-stelsel specifiek voor MedMij in te richten, maar de kosten daarvan, voor zichzelf en voor haar deelnemers, wegen niet op tegen de voordelen, onder de voorwaarde dat er een ander geschikt PKI-stelsel voorhanden is. Deelnemers zullen met hun services immers ook in andere afsprakenstelsels betrokken kunnen zijn dan dat van MedMij. Zo'n keuze past bovendien niet bij principe P6.
Omdat het MedMij-netwerk een nationale en maatschappelijk kritische infrastructuur is, met hoge eisen aan betrouwbaarheid, kiest het MedMij Afsprakenstelsel voor de beveiliging van al het backchannel-verkeer voor het momenteel enige PKI-stelsel waarin de betrouwbaarheid uiteindelijk steunt op een Nederlandse publiekrechtelijke rechtspersoon: PKIoverheid met de Staat der Nederlanden als root CA. Zo is de governance van de root CA transparant en toegankelijk belegd.
Het MedMij Afsprakenstelsel bouwt ondermeer voor het door hem aan zijn deelnemers geboden vertrouwen dus mede op het PKIoverheid-stelsel, op het door dat stelsel vastgestelde programma van eisen voor de in dat stelsel betrokken TSP's en op de certificatiehiërarchie voor private G1 certificaten van PKIoverheid. Deelnemers in het MedMij Afsprakenstelsel zullen dus service-certificaten moeten betrekken bij een bij PKIoverheid aangesloten TSP die bij haar past.
