Het MedMij afpsrakenstelsel volgt sinds de eerste gepubliceerde versie een structuur die gebaseerd is op de drieluik rollen, functies en verantwoordelijkheden. Hieromheen worden ook andere onderwerpen benoemd, maar het draait vooral om deze drie-eenheid. In de huidige uitwerkingen van grote onderwerpen loopt MedMij echter steeds tegen beperkingen op van de huidige structuur. Daarnaast is geconcludeerd dat e structuur te veel afwijkt van die van bijvoorbeeld het afsprakenstelsel TWiin, waardoor een synchronisatie tussen deze twee stelsels bemoeilijkt wordt. Nu lijkt het moment juist om de structuur aan te passen en ervoor te zorgen dat het stelsel weer gericht wordt op de toekomst.