Naast de usecases, zijn ook een aantal operationele processen in het afsprakenstelsel opgenomen. Deze processen spelen niet direct een rol in de gegevensuitwisseling, maar zijn wel nodig voor een goede operationele werking van het stelsel. Operationele processen geeft op hoofdlijnen een overzicht van de belangrijkste beheerprocessen waarbij deelnemers een rol spelen. Het overzicht is niet uitputtend. Detailuitwerkingen van deze processen zijn beschikbaar voor (potentiële) deelnemers. Deze zijn te vinden in de MedMij-DAP (en bijbehorende referentiekaart), zie link.