De Deelnemersovereenkomst bevat de basisafspraken tussen Stichting MedMij en een deelnemer aan het afsprakenstelsel. Aangezien er twee typen deelnemers zijn, wordt onderscheid gemaakt tussen een Deelnemersovereenkomst Dienstverlener persoon en een Deelnemersovereenkomst Dienstverlener aanbieder. Deze overeenkomsten zorgen ervoor dat deelnemers gehouden zijn aan de op hen rustende verantwoordelijkheden en verplichtingen. De overeenkomsten binden deelnemers tevens aan de besturings- en nalevingsafspraken die noodzakelijk zijn voor het borgen van het vertrouwen in MedMij. Deelnemers mogen binnen MedMij in hun rol alleen diensten verrichten indien zij een Deelnemersovereenkomst hebben gesloten met Stichting MedMij.